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1920 wurde Moritz Katzenstein Leiter der Chirurgischen Klinik II des Städtischen Krankenhauses im Friedrichshain. Das Krankenhaus wurde am 8. Oktober 1874 eröffnet und erwarb sich in den folgenden Jahren nicht nur in Deutschland, sondern auch besonders im Ausland einen ausgezeichneten Ruf. Katzenstein war hier bis zu seinem Tod 1932 tätig. Wissenschaftlich beschäftigte er sich hauptsächlich mit der experimentellen Chirurgie. Seine Arbeiten betreffen u. a. den arteriellen Kollateralkreislauf, die Funktionsprüfung des Herzens (Katzenstein’sche Methode), die Entstehung des Magengeschwürs und der Arthrose. Der Chirurg Prof. Kurt Franke, sein Biograph, bewertet Katzensteins medizinische Leistungen in seinem 2006 erschienenen Buch ("Moritz Katzenstein. Bedeutender Berliner Chirurg - Langjähriger Freund von Albert Einstein") wie folgt. "Die Vorträge und Publikationen (...) beweisen vielfältige chirurgische Interessen, die aber ohne entsprechende manuelle Fertigkeiten und ohne intellektuelle Flexibilität nicht zu verfolgen gewesen wären. Moritz Katzenstein führte Eingriffe durch, die für die damalige Zeit Neuheitswert besaßen."

Ganz ungewöhnlich an seiner Karriere als Mediziner ist der medizinische Bereich, in dem er seine Meriten erwarb. Die Chirurgie als klassischer Bereich der Medizin war seinerzeit nämlich so gut wie ausnahmslos in Händen "arischer Seilschaften". Jüdischen Medizinern standen in der Regel nur in den neueren Spezialfächern wie Mikrobiologie, Dermatologie und Psychiatrie die Karrierewege offen, weil diese im Unterschied etwa zur Chirurgie nicht so stark der Kontrolle durch das medizinische Establishment unterlagen.