In Waldkappel lebten nur wenige Juden. Sie gehörten zur jüdischen Gemeinde in dem kleinen Nachbarort Harmuthsachsen. Mitte des 19. Jahrhunderts war jeder vierte Ortseinwohner mosaischen Glaubens (1861 lebten dort insges. 130 Juden).
1833 wurde eine neue Synagoge eingeweiht, ab 1869 gab es eine jüdische Elementarschule mit 30 Schülern. Von 1915 bis 1919 mussten die Kinder die jüdische Schule in Bebra besuchen. 1924 gab es nur noch 7 jüdische Schulkinder, im Jahr darauf wurde die Schule aufgelöst. Vier jüdische Soldaten verloren im Ersten Weltkrieg ihr Leben. Mit dem Ehepaar Hammerschlag verließen 1939 die letzten Juden den Ort. Die beiden fanden vorübergehend Zuflucht in Kassel, von wo aus sie 1942 nach Theresienstadt deportiert wurden. Die jüdischen Gemeinde war bereits 1936 aufgelöst worden. Die Synagoge diente dann als Scheune; das Gebäude ist zwar noch erhalten, aber nicht mehr als Gotteshaus zu erkennen.